In die bauliche Entwicklung des Prager Loreto griff in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts eine bedeutende Architektenfamilie ein - die Dientzenhofer. Der ältere Christoph begann den zweiphasigen Umbau der Kirche und entwarf die Westfassade des gesamten Komplexes, die nach seinem Tod im Jahre 1722 sein Sohn Kilian Ignaz (der auch der Autor der Terrasse mit den Balustraden vor der Fassade ist) mit geringen Veränderungen fertigstellte. Christophs unehelicher Sohn J. G. Aichbauer beendete 1735 den abschließenden Umbau der Kirche, den (ebenso wie das meiste der Innenausstattung) Maria Margarete Gräfin Waldstein geb. Czernin von Chudenice finanzierte.

Die Weihe erfolgte am 7.6.1737, aber die Arbeiten im Inneren gingen bis Ende 1738 weiter. Den Hauptaltar zieren eine angebliche Replik eines Renaissancegemäldes (evtl. aus dem Umkreis F. Lippis) der Anbetung Jesu in einem getriebenen Rocaillerahmen sowie Statuen des hl. Josefs und hl. Joachims, Gottvaters und Engel von M. Schönherr (1701-1743). Im Chor befinden sich zwei dem hl. Felicissimus und der hl. Marcia geweihte Seitenaltäre mit großen Reliquiarvitrinen. 

Die einander gegenüberliegenden Seitenaltäre im Schiff tragen erstklassige Rokokogemälde der hl. Apolena und hl. Agatha von der Hand A. Kerns (1709-1747), die seitlich von Engelspaaren Richard Prachners von ebenfalls hoher Qualität ergänzt werden.

Die ursprüngliche Orgel des Meisters L. Spiegel, 1718 angeschafft auf Kosten von Eleonore Karoline Gräfin von Lobkowicz, wurde in den Jahren 1734-38 durch ein neues Instrument der Meister F. Katzer und K. Weltzer aus Králíky (Grulich) ersetzt. Die Fresken der Geburt des Herrn und der Anbetung durch die Heiligen Drei Könige sind Werke J. A. Schöpfls (1702-1772) und erreichen nicht das Niveau des Gemäldes im dritten Gewölbefeld über dem Chor mit der Szene der Darbringung Jesu im Tempel von V. V. Reiner (1698-1743).